En 1967, en la XVII Asamblea de la Convención Nacional Bautista de Venezuela, reunida en la Caracas cuatricentenaria, se nombró el Comité Procreación del Instituto Teológico Bautista de Venezuela. Éste quedó integrado por los siguientes hermanos: Dr. Roy L. Lyon, quien la presidió y ya fallecido; Dr. Pierre Luc Eustache M., ya fallecido; Ing. Samuel Prato G., Dr. H. Robert Tucker y el Rdo. Germán Núñez B.

Después de tres años de intenso trabajo y oración, el 17 de septiembre de 1970, Dios hizo realidad el tan anhelado sueño de los bautistas venezolanos de tener una “escuela de profetas”. Mediante el registro de la institución en el Ministerio de Educación, se impartían clases de bachillerato a nivel de ciclo básico, junto con la educación teológica. Se inicio el primer año académico con 17 estudiantes. Se ofrecían los títulos de Bachiller y Diploma en Educación Cristiana y Teología respectivamente.

Al inicio del año 1982 y con relación a la decisión de crear los institutos bíblicos bautistas regionales, el Seminario pasó a ofrecer títulos a nivel de Licenciatura, con la excepción de cónyuges que no tenían el bachillerato secular y/o que venían de una región donde no hubiese instituto bíblico. Por ello, se les permitió cursar estudios teológicos al nivel denominado de bachillerato o de diploma.

El Dr. Roy L. Lyon fue el rector fundador del Seminario desde septiembre de 1970 hasta septiembre de 1978.  El Dr. James L. Crawford fungió como rector desde septiembre de 1980 hasta diciembre de 1984. El Dr. Charles B. Clark fue el rector a partir de enero de 1985 hasta el 19 de junio de 1988. El Dr. Billy Vern (Joe) Powell fue el rector desde junio de 1988 hasta octubre de 1991. En el presente, el rector es el Dr. N. Alirio Eustache V. El Rdo. Efraím Silva Ovalles, además de servir como vicerrector fundador desde septiembre de 1970 hasta octubre de 1982, cuando fue jubilado; el Dr. William E.Goff y el Dr. N. Alirio Eustache V. han actuado también como rectores interinos. Otros que han ocupado el cargo de vicerrector han sido el Dr. N. Alirio Eustache V., desde agosto de 1988 hasta enero de 1992; la Mag. Ibelís N. Guédez C., desde enero de 1982 hasta diciembre de 2000; y desde febrero de 2001, el Mag. Richard J. Serrano P. es el vicerrector académico.

Durante el año académico 1996-1997, el Dr. Eustache estuvo de permiso sabático sirviendo como profesor invitado del Seminario Teológico Bautista del Suroeste en Fort Worth, Texas, EE. UU. de A. El Dr. Crawford fungió como rector encargado y fue nombrado rector emérito de nuestra institución. El Dr. Eustache volvió a ocupar el cargo de rector de la institución desde mayo de 1997, hasta la fecha diciembre de 2007. Desde enero de 2007, el Mag. Richard J. Serrano P. asume un interinado como rector. Actualmente, la Lic. Beatriz M. Alcalá G. funge como vicerrectora académica interina.